¿Puedo usar los controles de pedal de GiO cuando utilizo otra interface Apogee (como el Apogee ONE) para entradas y salidas?

Si se puede. Simplemente conecta las dos interfaces y escoge ONE como tu interface de entradas y salidas. La funcionalidad de los controles de pedal de GiO seran inmediatamente reconocidos independientemente de la configuración de E/S.